erro de tradução (recodificação) em r
Aqui está um pequeno exemplo:
<code>X1 <- c("AC", "AC", "AC", "CA", "TA", "AT", "CC", "CC") X2 <- c("AC", "AC", "AC", "CA", "AT", "CA", "AC", "TC") X3 <- c("AC", "AC", "AC", "AC", "AA", "AT", "CC", "CA") mydf1 <- data.frame(X1, X2, X3) </code>
Quadro de dados de entrada
<code> X1 X2 X3 1 AC AC AC 2 AC AC AC 3 AC AC AC 4 CA CA AC 5 TA AT AA 6 AT CA AT 7 CC AC CC 8 CC TC CA </code>
A função
<code># Function atgc <- function(x) { xlate <- c( "AA" = 11, "AC" = 12, "AG" = 13, "AT" = 14, "CA"= 12, "CC" = 22, "CG"= 23,"CT"= 24, "GA" = 13, "GC" = 23, "GG"= 33,"GT"= 34, "TA"= 14, "TC" = 24, "TG"= 34,"TT"=44, "ID"= 56, "DI"= 56, "DD"= 55, "II"= 66 ) x = xlate[x] } outdataframe <- sapply (mydf1, atgc) outdataframe X1 X2 X3 AA 11 11 12 AA 11 11 12 AA 11 11 12 AG 13 13 12 CA 12 12 11 AC 12 13 13 AT 14 11 12 AT 14 14 14 </code>
Problema, a CA não é igual a 12 na saída, e sim a 11, da mesma forma para outros. Apenas bagunça!
(Exta: Também não sei como me livrar dos nomes de renas.)