błąd tłumaczenia (przekodowania) w r
Oto mały przykład:
<code>X1 <- c("AC", "AC", "AC", "CA", "TA", "AT", "CC", "CC") X2 <- c("AC", "AC", "AC", "CA", "AT", "CA", "AC", "TC") X3 <- c("AC", "AC", "AC", "AC", "AA", "AT", "CC", "CA") mydf1 <- data.frame(X1, X2, X3) </code>
Wprowadź ramkę danych
<code> X1 X2 X3 1 AC AC AC 2 AC AC AC 3 AC AC AC 4 CA CA AC 5 TA AT AA 6 AT CA AT 7 CC AC CC 8 CC TC CA </code>
Funkcja
<code># Function atgc <- function(x) { xlate <- c( "AA" = 11, "AC" = 12, "AG" = 13, "AT" = 14, "CA"= 12, "CC" = 22, "CG"= 23,"CT"= 24, "GA" = 13, "GC" = 23, "GG"= 33,"GT"= 34, "TA"= 14, "TC" = 24, "TG"= 34,"TT"=44, "ID"= 56, "DI"= 56, "DD"= 55, "II"= 66 ) x = xlate[x] } outdataframe <- sapply (mydf1, atgc) outdataframe X1 X2 X3 AA 11 11 12 AA 11 11 12 AA 11 11 12 AG 13 13 12 CA 12 12 11 AC 12 13 13 AT 14 11 12 AT 14 14 14 </code>
Problem, AC nie jest równy 12 na wyjściu, a 11, podobnie dla innych. Po prostu bałagan!
(Exta: Nie wiem też, jak pozbyć się nazwisk).