Mam teraz pomysł, dlaczego ten fragment kodu nie działa z tą konkretną witryną. W innych przypadkach działa dobrze.

    url = "http://www.i-apteka.pl/search.php?node=443&counter=all"
    content = requests.get(url).text
    soup = BeautifulSoup(content)

    links = soup.find_all("a", class_="n63009_prod_link")
    print links

W tym przypadku drukuje „[]”, ale są oczywiście pewne linki. Dowolny pomysł?:)