Resultados de la búsqueda a petición "h5py"
Archivos corruptos al crear archivos HDF5 sin cerrarlos (h5py)
Estoy usando h5py para almacenar datos de experimentos en un contenedor HDF5. En una sesión interactiva abro el archivo usando: measurement_data = h5py.File('example.hdf5', 'a')Luego escribo datos en el archivo usando algunas funciones ...
¿Cuál es la compresión recomendada para HDF5 para un rendimiento de lectura / escritura rápido (en Python / pandas)?
He leído varias veces que activar la compresión en HDF5 puede conducir a un mejor rendimiento de lectura / escritura. Me pregunto qué configuración ideal puede ser para lograr un buen rendimiento de lectura / escritura en: data_df.to_hdf(..., ...
fuera del núcleo de almacenamiento de imágenes 4D tif como hdf5 python
Tengo 27 GB de archivos tiff 2D que representan segmentos de una película de imágenes 3D. Quiero poder dividir estos datos como si fuera una simple matriz numpy4d. Parece que dask.array es una buena herramienta para manipular limpiamente la ...
Escribir en un conjunto de datos compuesto con una cadena de longitud variable a través de h5py (HDF5)
He podido crear un conjunto de datos compuesto que consiste en un int sin signo y una cadena de longitud variable en mi archivo HDF5 usando h5py, pero no puedo escribir en él. dt = h5py.special_dtype(vlen=str) dset = fout.create_dataset(ver, ...
¿Cómo diferenciar entre conjuntos de datos HDF5 y grupos con h5py?
Uso el paquete Python h5py (versión 2.5.0) para acceder a mis archivos hdf5. Quiero atravesar el contenido de un archivo y hacer algo con cada conjunto de datos. Utilizando lavisit método: import h5py def print_it(name): dset = f[name] ...
Escribir un gran conjunto de datos hdf5 usando h5py
Por el momento, estoy usando h5py para generar conjuntos de datos hdf5. Tengo algo como esto import h5py import numpy as np my_data=np.genfromtxt("/tmp/data.csv",delimiter=",",dtype=None,names=True) myFile="/tmp/f.hdf" with h5py.File(myFile,"a") ...
¿Advertencia de desaprobación visible ...?
Tengo algunos datos que estoy leyendo de un archivo h5 como una matriz numpy y estoy haciendo algunos análisis con. Para el contexto, los datos trazan una curva de respuesta espectral. Estoy indexando los datos (y una matriz posterior que hice ...
Conjuntos de datos en cadena de múltiples archivos / conjuntos de datos HDF5
Los beneficios y el mapeo simplista queh5py proporciona (a través de HDF5) para conjuntos de datos persistentes en el disco es excepcional. Ejecuto algunos análisis en un conjunto de archivos y almaceno el resultado en un conjunto de datos, uno ...
¿Puedo leer el archivo h5 en una máquina como bytearray, transmitir ese bytearray a otra máquina y luego cargarlo desde bytearray en otra máquina?
Tengo el siguiente requisito: tengo un archivo h5 en una máquina (fuente), que quiero usar en otra máquina (de destino). Actualmente siento que debería leer ese archivo h5 como bytearray en la máquina de origen, transmitir el bytearray a la ...
¿La forma más rápida de escribir archivos HDF5 con Python?
Dado un archivo CSV grande (10s de GB) de texto / números mixtos, ¿cuál es la forma más rápida de crear un archivo HDF5 con el mismo contenido, manteniendo el uso de memoria razonable? Me gustaría usar lah5py módulo si es posible. En el ...