Resultados da pesquisa a pedido "h5py"
Como atravessar um arquivo hdf5 usando o h5py
Como atravessar todos os grupos e conjuntos de dados de um arquivo hdf5 usando o h5py? Eu quero recuperar todo o conteúdo do arquivo de uma raiz comum usando um loop for ou algo semelhante.
Arquivos corrompidos ao criar arquivos HDF5 sem fechá-los (h5py)
Estou usando o h5py para armazenar dados do experimento em um contêiner HDF5. Em uma sessão interativa, abro o arquivo usando: measurement_data = h5py.File('example.hdf5', 'a')Depois, escrevo dados no arquivo usando algumas funções ...
Qual é a compactação recomendada para o HDF5 para desempenho rápido de leitura / gravação (em Python / pandas)?
Li várias vezes que ativar a compactação no HDF5 pode levar a um melhor desempenho de leitura / gravação. Gostaria de saber quais são as configurações ideais para obter um bom desempenho de leitura / gravação em: data_df.to_hdf(..., ...
fora do núcleo da imagem 4D tif de armazenamento como hdf5 python
Eu tenho 27 GB de arquivos tiff 2D que representam fatias de um filme de imagens 3D. Eu quero ser capaz de dividir esses dados como se fosse uma matriz numpy4d simples. Parece que o dask.array é uma boa ferramenta para manipular de maneira limpa ...
Gravando em um conjunto de dados composto com sequência de comprimento variável via h5py (HDF5)
Consegui criar um conjunto de dados composto que consiste em um int sem sinal e uma sequência de comprimento variável no meu arquivo HDF5 usando o h5py, mas não consigo gravar nele. dt = h5py.special_dtype(vlen=str) dset = ...
Como diferenciar conjuntos de dados e grupos do HDF5 com o h5py?
Eu uso o pacote Python h5py (versão 2.5.0) para acessar meus arquivos hdf5. Eu quero percorrer o conteúdo de um arquivo e fazer algo com cada conjunto de dados. Usando ovisit método: import h5py def print_it(name): dset = f[name] print(dset) ...
Gravando um grande conjunto de dados hdf5 usando o h5py
No momento, estou usando o h5py para gerar conjuntos de dados hdf5. Eu tenho algo parecido com isto import h5py import numpy as np my_data=np.genfromtxt("/tmp/data.csv",delimiter=",",dtype=None,names=True) myFile="/tmp/f.hdf" with ...
Aviso de descontinuação visível…?
Eu tenho alguns dados que eu estou lendo de um arquivo h5 como uma matriz numpy e estou fazendo algumas análises com. Para o contexto, os dados traçam uma curva de resposta espectral. Estou indexando os dados (e uma matriz subsequente que fiz ...
Encadear conjuntos de dados de vários arquivos / conjuntos de dados HDF5
Os benefícios e o mapeamento simplista queh5py fornece (através do HDF5) para conjuntos de dados persistentes no disco é excepcional. Eu executo algumas análises em um conjunto de arquivos e armazeno o resultado em um conjunto de dados, um para ...
Salvando com matrizes h5py de tamanhos diferentes
Estou tentando armazenar cerca de 3000 matrizes numpy usando o formato de dados HDF5. As matrizes variam em comprimento de 5306 a 121999 np.float64 estou obtendoObject dtype dtype('O') has no native HDF5 equivalent erro, devido à natureza ...