Resultados de la búsqueda a petición "bioinformatics"

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cómo usar matchpattern () para encontrar cierto aminoácido en un archivo con muchas secuencias (.fasta) en R

Tengo un archivo (mydata.txt) que contiene muchas secuencias de exones confasta formato. Quiero encontrar los codones de inicio ('atg') y parada (&#3...

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Cómo eliminar filas con 0 valores usando R

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Descarga automática de archivos múltiples en R-Shiny

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Promedio de R para datos sin tiempo

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Encontrar superposición en rangos con R

Tengo dos data.frames cada uno con tres columnas: chrom, start & stop, llamémoslos rangos A y rangos B. Para cada fila de rangos A, estoy buscando encontrar qué fila (si hay alguna) en rangos B contiene completamente los rangos A fila, con lo que ...

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Lectura en archivo bloque por bloque usando el delimitador especificado en python

Tengo un archivo input_file.fa como este (FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]formato): > header1 description data data data >header2 description more data data data Quiero leer en el archivo un fragmento a la vez, para que cada ...

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Procesamiento de trama de datos

Tengo un marco de datos, que leí porMatch <- read.table("Match.txt", sep="", fill =T, stringsAsFactors = FALSE, quote = "", header = F) y se ve así: > ab V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 Inspecting sequence ID chr1:173244300-173244500 NA NA 2 ...

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¿Cómo genero todas las permutaciones posibles de Newick Tree para un conjunto de especies dado un grupo externo?

¿Cómo genero todas las permutaciones posibles de Newick Tree para un conjunto de especies dado un grupo externo? Para aquellos que no saben qué es el formato de árbol Newick, hay una buena descripción disponible ...

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WinError 2 El sistema no puede encontrar el archivo especificado (Python)

Tengo un programa Fortran y quiero ejecutarlo en Python para múltiples archivos. Tengo 2000 archivos de entrada, pero en mi código Fortran solo puedo ejecutar un archivo a la vez. ¿Cómo debo llamar al programa Fortran en python? Mi ...

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AWK: extraer líneas si la columna en el archivo 1 cae dentro de un rango declarado en dos columnas en otro archivo

Actualmente estoy luchando con un problema de AWK que aún no he podido resolver. Tengo un archivo enorme (30 GB) con datos genómicos que contiene una lista con posiciones (declaradas en col 1 y 2) y una segunda lista que contiene varios rangos ...