wie man mit matchpattern () bestimmte Aminosäuren in einer Datei mit vielen Sequenzen (.fasta) in R findet

Ich habe eine Datei (mydata.txt), die viele Exon-Sequenzen mit enthältFasta Format. Ich möchte Start ('atg') und Stop ('taa', 'tga', ...

So entfernen Sie Zeilen mit 0-Werten mit R

Automatischer Download mehrerer Dateien in R-Shiny

Ich versuche herauszufinden, wie man einen bekommtdata.frame um sich selbst zu unterteilen und dann eine CSV-Datei für jede Untergruppe zu schreiben. Ich schreibe eineshiny App, die Vorlagendateien für verschiedene Instrumente generiert, und ich ...

AWK: Zeilen extrahieren, wenn die Spalte in Datei 1 in einen Bereich fällt, der in zwei Spalten in einer anderen Datei deklariert ist

Derzeit habe ich mit einem AWK-Problem zu kämpfen, das ich noch nicht lösen konnte. Ich habe eine riesige Datei (30 GB) mit Genomdaten, die eine Liste mit Positionen (in Spalte 1 und 2 deklariert) und eine zweite Liste mit einer Reihe von ...

Überlappende numerische Bereiche werden zu fortlaufenden Bereichen zusammengeführt

Ich versuche, einen Bereich genomischer Koordinaten in kontinuierliche Bereiche zusammenzuführen, mit einer zusätzlichen Option zum Zusammenführen über Lücken hinweg. Zum Beispiel, wenn ich die Genombereiche hätte[[0, 1000], [5, 1100]] Ich ...

Bash: Ersetze einen Teil des Dateinamens

Ich habe einen Befehl, den ich für alle Dateien eines Ordners ausführen möchte, und die Syntax des Befehls sieht folgendermaßen aus: tophat -o <output_file> <input_file>Was ich tun möchte, ist ein Skript, das alle Dateien in einem beliebigen ...

Convert csv zu Newick Baum

So habe ich eine CSV-Datei, in der jede Zeile hierarchische Daten in Form von "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species", "Subspecies", "unique_gi" darstellt. Ich möchte dies in den klassischen @ umwandeNewick ...

Wie kann ich Ensembl ID in Gensymbol in R konvertieren?

Ich habe ein data.frame, das Ensembl-IDs in einer Spalte enthält. Ich möchte entsprechende Gensymbole für die Werte dieser Spalte finden und sie zu einer neuen Spalte in meinem Datenrahmen hinzufügen. Ich habe bioMaRt verwendet, aber es konnte ...

Organisieren der Ausgabe meines Shell-Skripts in Tabellen innerhalb der Textdatei

Ich arbeite mit einem Unix-Shell-Skript, das die Genomkonstruktion durchführt und dann eine Phylogenie erstellt. Je nachdem, welchen Genom-Assembler Sie verwenden, kann sich die endgültige Ausgabe (die Phylogenie) ändern. Ich möchte die ...

Überlappende Bereiche finden und entsprechenden Wert extrahieren

Wie finden Sie die überlappenden Koordinaten und extrahieren die entsprechenden Segmentmittelwerte für den überlappenden Bereich? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 ...