Cuál es la mejor manera de organizar los archivos en su proyecto?

Por ejemplo, ¿coloca todos los controles de usuario en una carpeta separada o los coloca en una subcarpeta? ¿Tienes una carpeta de lógica de negocios? ¿Una carpeta de clases auxiliares?

Solía organizar mis proyectos así:

Proyecto / Controles de usuario / Nombre del módulo / Proyecto / Clases / Nombre del módulo /

Ahora estoy aprendiendo más sobre algo como esto: Proyecto / Nombre del módulo / Controles de usuario / Proyecto / Nombre del módulo / Clases /

¿Cuál es la mejor manera? ¿Especialmente si el proyecto se vuelve realmente grande? ¿Qué tipo de estructura de carpetas debería existir?