Qual é a melhor maneira de organizar os arquivos no seu projeto?

Por exemplo, você coloca todos os controles de usuário em uma pasta separada ou os coloca em uma subpasta? Você tem pasta de lógica de negócios? Uma pasta de classes auxiliares?

Eu costumava organizar meus projetos assim:

Projeto / Controles do usuário / Nome do módulo / Projeto / Classes / Nome do módulo /

Agora estou aprendendo mais sobre algo assim: Projeto / Nome do módulo / Controles do usuário / Projeto / Nome do módulo / Classes /

Qual é a melhor maneira? Especialmente se o projeto ficar realmente grande? Que tipo de estrutura de pastas deve existir?