He logrado empaquetar mi aplicación PyQt4 como una aplicación "independiente" en Windows, funciona.

Sin embargo, esta aplicación puede actualizarse, lo que se hace reemplazando el código real escrito por mí (archivos .py) con nuevas versiones, descargadas a través de Internet.

¿Cómo puedo decirle a PyInstaller que haga su trabajo (armar las DLL, generar el iniciador con el ícono brillante, etc.), PERO dejar que los archivos .py no se toquen?

Necesito esos archivos directamente en el disco, para que la actualización automática funcione.