¿Cómo encontrar FWHM en un conjunto de datos con múltiples picos?
Estoy usando un script de Python que encuentra los índices de los picos (o valles en mi caso) a lo largo de un perfil 1D, en un rango específico de valores. Mi objetivo es medir el FWHM para cada valle de interés.Este es un ejemplo de perfil 1D
Este es el guión:
def detect_peaks (x, mnph=None, mxph=None, mpd=1, threshold=0, edge='rising',
kpsh=False, valley=False, show=False, ax=None):
#from __future__ import division, print_function
import numpy as np
x = np.atleast_1d(x).astype('float64')
if x.size < 3:
return np.array([], dtype=int)
if valley:
x = -x
# find indices of all peaks
dx = x[1:] - x[:-1]
# handle NaN's
indnan = np.where(np.isnan(x))[0]
if indnan.size:
x[indnan] = np.inf
dx[np.where(np.isnan(dx))[0]] = np.inf
ine, ire, ife = np.array([[], [], []], dtype=int)
if not edge:
ine = np.where((np.hstack((dx, 0)) < 0) & (np.hstack((0, dx)) > 0))[0]
else:
if edge.lower() in ['rising', 'both']:
ire = np.where((np.hstack((dx, 0)) <= 0) & (np.hstack((0, dx)) > 0))[0]
if edge.lower() in ['falling', 'both']:
ife = np.where((np.hstack((dx, 0)) < 0) & (np.hstack((0, dx)) >= 0))[0]
ind = np.unique(np.hstack((ine, ire, ife)))
# handle NaN's
if ind.size and indnan.size:
# NaN's and values close to NaN's cannot be peaks
ind = ind[np.in1d(ind, np.unique(np.hstack((indnan, indnan-1, indnan+1))), invert=True)]
# first and last values of x cannot be peaks
if ind.size and ind[0] == 0:
ind = ind[1:]
if ind.size and ind[-1] == x.size-1:
ind = ind[:-1]
"""ABOUT mnph and mxph => It works just on valleys, for peaks: REMOVE the minus ("-") below in the code"""
# remove valleys < minimum peak height
if ind.size and mnph is not None:
ind = ind[-x[ind] >= mnph]
# remove valleys > maximum peak height
if ind.size and mxph is not None:
ind = ind[-x[ind] <= mxph]
return ind
¿Cómo puedo realizar esta operación?