MySQL columnas múltiples en cláusula IN

Tengo una base de datos con cuatro columnas correspondientes a las coordenadas geográficas x, y para la posición inicial y final. Las columnas son:

x0y0x1y1

Tengo un índice para estas cuatro columnas con la secuencia x0, y0, x1, y1.

Tengo una lista de aproximadamente cien combinaciones de pares geográficos. ¿Cómo haría para consultar estos datos de manera eficiente?

Me gustaría hacer algo como esto como se sugiere enesta respuesta SO pero solo funciona para la base de datos Oracle, no MySQL:

SELECT * FROM my_table WHERE (x0, y0, x1, y1) IN ((4, 3, 5, 6), ... ,(9, 3, 2, 1));

¿Estaba pensando que podría ser posible hacer algo con el índice? ¿Cuál sería el mejor enfoque (es decir, la consulta más rápida)? ¡Gracias por tu ayuda!

Notas:

No puedo cambiar el esquema de la base de datos.Tengo alrededor de 100'000'000 filas

EDITAR: El código tal como estaba realmente funcionaba, sin embargo, era extremadamente lento y no aprovechaba el índice (ya que tenemos una versión anterior de MySQLv5.6.27)

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