Configuré la interfaz de usuario en server.R para obtener más control, pero shinyDashboard no funciona cuando se define en server.R. Yo uso este método con navBarPage sin problemas.

Este código funciona

library(shiny)     
library(shinydashboard)

ui     <- dashboardPage(  dashboardHeader( ), 
                          dashboardSidebar(),
                          dashboardBody()   )

server <- shinyServer(function(input, output) {   })
runApp(list(ui= ui, server = server))

Pero este solo muestra una página vacía

ui     <-  uiOutput('dash')
server <- shinyServer(function(input, output) { 
  output$dash <- renderUI({   
    dashboardPage(dashboardHeader( ), 
                  dashboardSidebar(),
                  dashboardBody()  )
  }) 
})
runApp(list(ui= ui, server = server))

Este es un ejemplo usando navBarPage, que funciona bien

ui     <-  uiOutput('nav')
server <- shinyServer(function(input, output) { 
  output$nav <- renderUI({   
    navbarPage("App Title",  
               tabPanel("Tab 1"),    
               tabPanel("Tab 2")  ) 
  })
})  
runApp(list(ui= ui, server = server))