Configurei a interface do usuário no server.R para obter mais controle, mas o shinyDashboard não funciona quando definido no server.R. Eu uso esse método com navBarPage sem problemas.

Esse código funciona

library(shiny)     
library(shinydashboard)

ui     <- dashboardPage(  dashboardHeader( ), 
                          dashboardSidebar(),
                          dashboardBody()   )

server <- shinyServer(function(input, output) {   })
runApp(list(ui= ui, server = server))

Mas este apenas mostra uma página vazia

ui     <-  uiOutput('dash')
server <- shinyServer(function(input, output) { 
  output$dash <- renderUI({   
    dashboardPage(dashboardHeader( ), 
                  dashboardSidebar(),
                  dashboardBody()  )
  }) 
})
runApp(list(ui= ui, server = server))

Este é um exemplo usando navBarPage, que funciona bem

ui     <-  uiOutput('nav')
server <- shinyServer(function(input, output) { 
  output$nav <- renderUI({   
    navbarPage("App Title",  
               tabPanel("Tab 1"),    
               tabPanel("Tab 2")  ) 
  })
})  
runApp(list(ui= ui, server = server))