El archivo Java no existe pero existe File.getAbsoluteFile ()

¿Alguien encontró el caso cuando unjava.io.File no existe pero la vocacióngetAbsoluteFile() El método en la instancia de archivo devuelve un archivo que existe. ¿Y por qué sucede esto?

Nota

Estoy en Linux más Oracle Java runtime con versión1.7.0_95-b00He pasado una opción JVM-Duser.dir=/path/to/somewhere al iniciar la instancia de tomcat

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