Primero uso el código de Entity Framework y configuro AutomaticMigrationsEnabled true por este código:

Database.SetInitializer(new MigrateDatabaseToLatestVersion<DbContext, MigrateDBConfiguration>());
//////////////////////////////////

public class MigrateDBConfiguration : System.Data.Entity.Migrations.DbMigrationsConfiguration<DbContext>
{
    public MigrateDBConfiguration()
    {
        AutomaticMigrationsEnabled = true;
        AutomaticMigrationDataLossAllowed = true;
    }
}

En la primera ejecución del proyecto funciona bien y crea bases de datos y tablas. después de cambiar el modelo y soltar algún campo o agregar nuevos campos y ejecutar Add-Migration, se genera la clase de migración pero después de ejecutar el proyecto se produce esta excepción:

Se produjo una excepción del tipo 'System.InvalidOperationException' en EntityFramework.dll pero no se manejó en el código de usuario

Información adicional: El modelo que respalda el contexto 'DBContext' ha cambiado desde que se creó la base de datos.

EDITAR: Como respuesta dearturo menchaca Puedo cambiar un código como este:

protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
    {
        Database.SetInitializer(new MigrateDatabaseToLatestVersion<DBContext, MigrateDBConfiguration<DBContext>>());

...

Pero esta excepción es ocure:

Ya hay un objeto llamado 'MyTable' en la base de datos.

Quiero aplicar mi migración.