Después de mirar lo impresionantecomparación de rendimiento, Decidí que probaría la herramienta gráfica. Entonces, para comparar, escribí códigos para generar un árbol aleatorio usando ambos paquetes.

El código de la herramienta gráfica:

import numpy as np
import graph_tool.all as gt

# construct an initial graph with two nodes and one link
n = 5000
G = gt.Graph(directed = False)
G.add_edge(0, 1)

for t in range(2, n):
    # connect the new vertex to one of the old vertices randomly
    G.add_edge(np.random.choice(range(t)), t)

El código de Networkx:

import networkx as nx
import numpy as np

n = 5000
# initial graph
G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1)

for t in range(2, n):
    G.add_edge(t, np.random.choice(range(t)))

¡La herramienta gráfica tarda alrededor de 14 segundos en mi máquina de 4 núcleos, mientras que networkx tarda menos de 2 segundos en la misma máquina! ¿Me estoy perdiendo algo obvio?

Gracias por adelantado.