Estoy tratando de usar la función haploNet de {pegas} para trazar una red de haplotipos, pero estoy teniendo problemas para poner haplotipos iguales de diferentes poblaciones en un mismo gráfico. Puedo construir una red de haplotipos con el siguiente script:

x <- read.dna(file="x.fas",format="fasta")
h <- haplotype(x)
net <- haploNet(h)
plot(net)

Me gustaría establecer en los datos de dnabin la etiqueta de la población original de cada taxa, para poder tener gráficos circulares de diferentes colores (de haplotipos de diferentes poblaciones) en la red resultante. También me gustaría eliminar los círculos superpuestos en la red de haplotipos resultante.

¡Gracias por cualquier ayuda!

Un ejemplo:

> data(woodmouse)
> x <- woodmouse[sample(15, size = 110, replace = TRUE), ]
> h <- haplotype(x)
> net <- haploNet(h)
> plot(net, size=attr(net, "freq"), scale.ratio = 2, cex = 0.8)

Este script se usa para construir una red de haplotipos usando {pegas}. Los círculos más grandes representan muchos más haplotipos de algún tipo. Me gustaría saber cómo podría establecer en la matriz de dnabin el origen de los haplotipos, para que aparezcan con diferentes colores en la red.