A veces esto funciona, a veces no. Parece depender de si el sistema necesita solicitar una contraseña. La pregunta más general sería: ¿hay alguna forma para que el usuario proporcione información a un comando de shell desde R?

system('sudo npm install gitbook -g')

Tenga en cuenta que mi caso específico está tratando de instalar un módulo node.js. Sin embargo, creo que puedes replicarlo usando un comando más trivial.

system('sudo mkdir testdir')

Tenga en cuenta que esto a veces funcionará dependiendo de sisudo requiere que vuelva a ingresar una contraseña. Gracias.