Иногда это работает, иногда нет. Кажется, это зависит от того, должна ли система запрашивать пароль. Более общий вопрос будет: есть ли способ для пользователя, чтобы обеспечить ввод для команды оболочки изнутри R?

system('sudo npm install gitbook -g')

Обратите внимание, что в моем конкретном случае я пытаюсь установить модуль node.js. Тем не менее, я думаю, что вы можете повторить это с помощью более тривиальной команды.

system('sudo mkdir testdir')

Обратите внимание, что это иногда будет работать в зависимости от того,sudo требует от вас повторно ввести пароль. Благодарю.