Às vezes isso funciona, às vezes não. Parece depender se o sistema precisa solicitar uma senha. A questão mais geral seria: existe uma maneira de o usuário fornecer entrada para um comando shell a partir do R?

system('sudo npm install gitbook -g')

Observe que meu caso específico está tentando instalar um módulo node.js. No entanto, acho que você pode replicá-lo usando um comando mais trivial.

system('sudo mkdir testdir')

Observe que isso às vezes funciona dependendo sesudo requer que você digite novamente uma senha. Obrigado.