SuppressDefaultHostAuthentication en WebApi.Owin también suprime la autenticación fuera de webapi

Me encuentro con un problema con una solución en la que utilicé partes de la plantilla de Visual Studio SPA para tener el controlador de cuenta en WebApi con autenticación Oauth.

  app.UseOAuthBearerTokens(OAuthOptions);

Entonces yo en el registro de Owin Webapi está haciendo

config.SuppressDefaultHostAuthentication(); 

pero esto también suprime la autenticación de cookies predeterminada fuera del entorno webapi. ¿Es esta la intención? Si es así, ¿cómo puedo configurar WebApi para suprimir la autenticación de cookies pero sigue activa en todo el entorno para otras solicitudes?

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