Pandas tiene uninterfaz agradable que facilita el almacenamiento de cosas como Dataframes y Series en un HDF5:

random_matrix  = np.random.random_integers(0,10, m_size)
my_dataframe =  pd.DataFrame(random_matrix)

store = pd.HDFStore('some_file.h5',complevel=9, complib='bzip2')
store['my_dataframe'] = my_dataframe
store.close()

Pero si intento guardar algunos otros objetos normales de Python en el mismo archivo, se queja:

my_dictionary = dict()
my_dictionary['a'] = 2           # <--- ERROR
my_dictionary['b'] = [2,3,4]

store['my_dictionary'] = my_dictionary
store.close()

con

TypeError: cannot properly create the storer for: [_TYPE_MAP] [group->/par
ameters (Group) u'',value-><type 'dict'>,table->None,append->False,kwargs-
>{}]                                   

¿Cómo puedo almacenar estructuras de datos de Python normales en el mismo HDF5 donde almaceno otros objetos Pandas?