Tengo un problema muy molesto con un gráfico de barras apiladas creado usandoggplot2. Hay un par de preguntas similares formuladas anteriormente, pero después de revisar el código de ejemplo no puedo entender qué estoy haciendo mal.

Me gustaría hacer el gráfico para que las barras se apilen en el siguiente orden en función de susBiogeographic.affinity: (De arriba a abajo = Bassian, Widespread, Torresian, and Eyrean). Los colores de las barras deben ser: (Bassian = drakgrey, Widespread = lightgrey, Torresian = white, y Eyrean = black).

Así es como se ve el conjunto de datos:

  biogeo
       Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species    Percent
    1     A                Bassian    1                 1           121  0.8264463
    2     A                 Eyrean    4                39           121 32.2314050
    3     A              Torresian    3                62           121 51.2396694
    4     A             Widespread    2                19           121 15.7024793
    5    DD                Bassian    1                 1           128  0.7812500
    6    DD                 Eyrean    4                46           128 35.9375000
    7    DD              Torresian    3                63           128 49.2187500
    8    DD             Widespread    2                18           128 14.0625000
    9   E_W                Bassian    1                 1           136  0.7352941
    10  E_W                 Eyrean    4                54           136 39.7058824
    11  E_W              Torresian    3                65           136 47.7941176
    12  E_W             Widespread    2                16           136 11.7647059
    13   KS                Bassian    1                 2           145  1.3793103
    14   KS                 Eyrean    4                63           145 43.4482759
    15   KS              Torresian    3                62           145 42.7586207
    16   KS             Widespread    2                18           145 12.4137931
    17 Z_Ka                Bassian    1                 1           110  0.9090909
    18 Z_Ka                 Eyrean    4                64           110 58.1818182
    19 Z_Ka              Torresian    3                31           110 28.1818182
    20 Z_Ka             Widespread    2                14           110 12.7272727

Este es el código que he escrito hasta ahora (incluidos algunos de mis intentos fallidos para corregir el problema).

 ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

Esto da el gráfico básico pero los colores y el orden siguen siendo incorrectos. Para corregir el orden lo intenté, ¡pero eso no cambió nada (FRUSTRADO) !:

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity  = factor(Biogeographic.affinity ), Rank = factor(Rank, levels = 1:4))

En cuanto al cambio de color, lo he intentado y parece funcionar, pero parece que el orden sigue siendo incorrecto.

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

por favor ayuda.