Eu tenho um problema muito chato com um gráfico de barras empilhadas criado usandoggplot2. Há um par de perguntas semelhantes feitas anteriormente, mas depois de passar pelo código de exemplo, não consigo descobrir o que estou fazendo de errado.

Eu gostaria de fazer o gráfico para que as barras sejam empilhadas na seguinte ordem, com base em suasBiogeographic.affinity: (De cima para baixo = Bassiano, Difundido, Torresiano e Eyrean). As cores das barras devem ser: (Bassian = drakgrey, Difundido = lightgrey, Torresian = branco e Eyrean = preto).

É assim que o conjunto de dados se parece:

  biogeo
       Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species    Percent
    1     A                Bassian    1                 1           121  0.8264463
    2     A                 Eyrean    4                39           121 32.2314050
    3     A              Torresian    3                62           121 51.2396694
    4     A             Widespread    2                19           121 15.7024793
    5    DD                Bassian    1                 1           128  0.7812500
    6    DD                 Eyrean    4                46           128 35.9375000
    7    DD              Torresian    3                63           128 49.2187500
    8    DD             Widespread    2                18           128 14.0625000
    9   E_W                Bassian    1                 1           136  0.7352941
    10  E_W                 Eyrean    4                54           136 39.7058824
    11  E_W              Torresian    3                65           136 47.7941176
    12  E_W             Widespread    2                16           136 11.7647059
    13   KS                Bassian    1                 2           145  1.3793103
    14   KS                 Eyrean    4                63           145 43.4482759
    15   KS              Torresian    3                62           145 42.7586207
    16   KS             Widespread    2                18           145 12.4137931
    17 Z_Ka                Bassian    1                 1           110  0.9090909
    18 Z_Ka                 Eyrean    4                64           110 58.1818182
    19 Z_Ka              Torresian    3                31           110 28.1818182
    20 Z_Ka             Widespread    2                14           110 12.7272727

Este é o código que escrevi até agora (incluindo algumas das minhas tentativas fracassadas de corrigir o problema).

 ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

Isso dá o gráfico básico, mas as cores e a ordem ainda estão erradas. Para corrigir a ordem que eu tentei, mas isso não mudou nada (FRUSTRATED):

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity  = factor(Biogeographic.affinity ), Rank = factor(Rank, levels = 1:4))

Quanto à mudança de cor eu tentei e parece funcionar, mas tudo parece que a ordem ainda está errada!

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

por favor ajude.