Si usa aplicar sobre filas en un data.frame con columnas numéricas y de caracteres, aplique use as.matrix internamente para convertir el data.frame a solo caracteres. Pero si la columna numérica consta de números de diferentes longitudes, como mratriz agrega espacios para coincidir con el número más alto / "más largo".

Un ejemplo:

df <- data.frame(id1=c(rep("a",3)),id2=c(100,90,8), stringsAsFactors = FALSE) 
df
##   id1 id2
## 1   a 100
## 2   a  90
## 3   a   8
as.matrix(df)
##      id1 id2  
## [1,] "a" "100"
## [2,] "a" " 90"
## [3,] "a" "  8"

Hubiera esperado que el resultado fuera:

     id1 id2  
[1,] "a" "100"
[2,] "a" "90"
[3,] "a" "8"

¿Por qué los espacios extras?

Pueden crear resultados inesperados al usar aplicar en un data.frame:

myfunc <- function(row){
  paste(row[1], row[2], sep = "")
}
> apply(df, 1, myfunc)
[1] "a100" "a 90" "a  8"
> 

Mientras que el bucle da el resultado esperado.

> for (i in 1:nrow(df)){
  print(myfunc(df[i,]))
}
[1] "a100"
[1] "a90"
[1] "a8"

y

> paste(df[,1], df[,2], sep = "")
[1] "a100" "a90"  "a8"  

¿Hay situaciones en las que los espacios adicionales que se agregan con as.matrix sean útiles?