Estoy tratando de modificar un archivo de configuración en Java usando Propiedades.

Leo, escribo y modifico las líneas con éxito usando Properties.store, load y setProperty, pero noté que después de hacer tal operación, el archivo se sobrescribe y por lo tanto pierdo todas las líneas en el archivo de configuración que no son pares clave-valor. Es decir, pierdo los comentarios.

¿Hay alguna manera de mantener esas líneas usando java.util?

Colocar un prefijo en cada línea no es un problema. Sé cómo hacerlo 'manualmente' leyendo línea por línea; En su lugar, estoy pidiendo una alternativa.