Estoy tratando de construir mis módulos require.js en un archivo javascript para producción.

El comando que estoy ejecutando es ...

r.js -o name=main out=main.min.js mainConfigFile=main.js

Esto compila, pero el archivo main.min.js compilado no se compila correctamente y aún incluye los bloques de instrucciones "definir". y el navegador obviamente vuelve

Uncaught ReferenceError: define is not defined 

Mi archivo main.js se ve como:

require.config({
    paths: {
        jquery: 'libs/jquery/jquery',
    },
    shim: {
        bootstrap: {
            deps: ['jquery'],
            exports: 'jquery'
        }
    }
});
require(['app', 'jquery'], function (app, $) {
    'use strict';
    // use app here
    console.log(app);
    console.log('Running jQuery %s', $().jquery);
});

Por favor, déjame saber lo que estoy pasando por alto aquí. ¡Gracias!