Estou tentando construir meus módulos require.js em um arquivo javascript para produção.

O comando que estou executando é ...

r.js -o name=main out=main.min.js mainConfigFile=main.js

Isso compila mas o arquivo main.min.js compilado não é compilado corretamente e ainda inclui os blocos de instrução "define". e o navegador obviamente retorna

Uncaught ReferenceError: define is not defined 

Meu arquivo main.js se parece com:

require.config({
    paths: {
        jquery: 'libs/jquery/jquery',
    },
    shim: {
        bootstrap: {
            deps: ['jquery'],
            exports: 'jquery'
        }
    }
});
require(['app', 'jquery'], function (app, $) {
    'use strict';
    // use app here
    console.log(app);
    console.log('Running jQuery %s', $().jquery);
});

Por favor, deixe-me saber o que eu estou negligenciando aqui. Obrigado!