Estoy confundido acerca de la forma en que Python, en OS X, usa los paquetes en 'Extras' y 'paquetes de sitio'. En particular, estoy confundido acerca de lo que veo en estos directorios, y cómo los paquetes duplicados en los directorios se afectan entre sí, y dónde debo colocar los paquetes que instalo.

Yo había asumido que 'Extras'1 fue la ubicación de los paquetes que no forman parte del núcleo de Python, pero que, sin embargo, se distribuyeron con una plataforma determinada. Por ejemplo, OS X, se distribuye conPyObjC, twistedynumpy, entre otros; y estos se encuentran en 'Extras'. También había asumido que 'paquetes de sitio'2 es donde van los paquetes que instalo posteriormente, y que el directorio está vacío o ausente en una máquina "nueva". Además, asumí que la instalación de un nuevo paquete dejaría la versión solo en 'Extras', y colocaría cualquier actualización que haga en 'paquetes de sitio', donde "enmascararían" aquellas en 'Extras'. (Así, por ejemplo, la instalación por defecto podría restaurarse simplemente eliminando 'paquetes-sitio').

Lo que me confunde es que el contenido de mi directorio 'Extras' está disminuyendo. En comparación con el contenido de una instalación nueva de OS X (10.8.2), faltan los 'Extras' para mi configuración actual

altgraph
altgraph-0.9-py2.7.egg-info
dateutil
macholib
macholib-1.4.2-py2.7.egg-info
modulegraph
modulegraph-0.9.1-py2.7.egg-info
numpy #though numpy-1.6.1-py2.7.egg-info is there
pkg_resources.py  # though .pyc is there
py2app
py2app-0.6.3-py2.7.egg-info
setuptools  # though setuptools-0.6c12dev_r88846-py2.7.egg-info is there
site.py  # though .pyc and .pyo are there
xattr
xattr-0.6.2-py2.7.egg-info
zope
zope.interface-3.5.1-py2.7.egg-info

y tiene dos archivos adicionales que no se encuentran en la instalación nueva

pkg_resources.py.OLD.1356069438.31
setuptools-0.6c12dev_r88846-py2.7.egg-info.OLD.1356069438.31
setuptools.OLD.1356069438.31

En mi mejor recuerdo, estos son todos los paquetes que he actualizado yo mismo, y las versiones de todos están presentes en los 'paquetes de sitio'.

¿Se supone que los contenidos del directorio 'Extras' "disminuyen" de esta manera? ¿La actualización de un paquete que está en 'Extras' lo "mueve" a 'sitio-paquetes', o las versiones 'Extras' deben dejarse solas y simplemente "enmascaradas" por las de 'sitio-paquetes'?

1:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python
2:/Library/Python/2.7/site-packages/