Mi situación actual es: tengo que leer un archivo y poner el contenido enInputStream. Después necesito colocar los contenidos de laInputStream en una matriz de bytes que requiere (por lo que sé) el tamaño de laInputStream. ¿Algunas ideas?

Según lo solicitado, mostraré el flujo de entrada que estoy creando desde un archivo cargado

InputStream uploadedStream = null;
FileItemFactory factory = new DiskFileItemFactory();
ServletFileUpload upload = new ServletFileUpload(factory);
java.util.List items = upload.parseRequest(request);      
java.util.Iterator iter = items.iterator();

while (iter.hasNext()) {
    FileItem item = (FileItem) iter.next();
    if (!item.isFormField()) {
        uploadedStream = item.getInputStream();
        //CHANGE uploadedStreambyte = item.get()
    }
}

La solicitud es unHttpServletRequest objeto, que es como elFileItemFactory yServletFileUpload es del paquete Apache Commons FileUpload.