Minha situação atual é: eu tenho que ler um arquivo e colocar o conteúdo emInputStream. Depois eu preciso colocar o conteúdo doInputStream em uma matriz de bytes que requer (tanto quanto eu sei) o tamanho doInputStream. Alguma ideia?

Conforme solicitado, mostrarei o fluxo de entrada que estou criando de um arquivo enviado

InputStream uploadedStream = null;
FileItemFactory factory = new DiskFileItemFactory();
ServletFileUpload upload = new ServletFileUpload(factory);
java.util.List items = upload.parseRequest(request);      
java.util.Iterator iter = items.iterator();

while (iter.hasNext()) {
    FileItem item = (FileItem) iter.next();
    if (!item.isFormField()) {
        uploadedStream = item.getInputStream();
        //CHANGE uploadedStreambyte = item.get()
    }
}

O pedido é umHttpServletRequest objeto, que é como oFileItemFactory eServletFileUpload é do pacote Apache Commons FileUpload.