En Git, ¿cómo puedo organizar el trabajo para rastrear los archivos de configuración locales de una biblioteca, que es un submódulo de git?

En detalles:

la biblioteca tiene archivos normales que se rastrean, y archivos de configuración predeterminados que están en su carpeta, pero no rastreados, para evitar restablecerlos o sobrescribirlos (están listados en .gitignore). Todos los archivos están en la carpeta o subcarpetas de lib.

Comencé a rastrear uno de los proyectos que usan esta biblioteca también en Git. Ahora hay un dilema:

si hago de la biblioteca de este proyecto un submódulo, no podré rastrear los archivos de configuración (Git los ignorará, ya que están en la carpeta de submódulos).

El seguimiento de todo como un gran proyecto es una mala idea, según tengo entendido.

si yohacer rastrear los archivos de configuración en la biblioteca, ¿cómo puedo evitar restablecerlos a los valores predeterminados? ¿Hago una rama en el proyecto de trabajo y saco del maestro cada vez? Entonces, ¿qué pasa si edito la biblioteca y un archivo de configuración en ella? Esto debe causar un conflicto de fusión, ¿no es así?

Supongo que esto no es nuevo, pero no pude encontrar ningún consejo. Apreciaré aprender de su experiencia, chicos.