No Git, como posso organizar o trabalho para rastrear arquivos de configuração locais de uma biblioteca, que é um submódulo git?

Em detalhes:

a biblioteca tem arquivos normais que são rastreados e arquivos de configuração padrão que estão em sua pasta, mas não são rastreados, para evitar redefini-los ou sobrescrevê-los (eles estão listados em .gitignore). Todos os arquivos estão na pasta ou subpastas da lib.

Comecei a acompanhar um dos projetos, que usam essa biblioteca, no Git também. Agora há um dilema:

se eu fizer a lib nesse projeto um submódulo, não poderei rastrear os arquivos de configuração (o Git irá ignorá-los, já que eles estão na pasta do submódulo).

Acompanhar tudo como um grande projeto é uma má idéia, como eu entendo.

se euFaz rastrear arquivos de configuração na biblioteca, como posso evitar redefini-los para os valores padrão? Eu faço uma ramificação no projeto de trabalho e retiro do mestre todas as vezes? Então, e se eu editar a biblioteca e um arquivo de configuração nela? Isso deve causar um conflito de mesclagem, não é?

Acho que isso não é novidade, mas não consegui encontrar nenhum conselho. Eu aprecio aprender com sua experiência pessoal.