Mientras trataba de averiguareste problema (cualquier ayuda es apreciada), ejecuté RXTX mientras monitoreaba su actividad usandoPortMon y notó que RXTX comprueba constantemente si los datos están disponibles, incluso cuando el cliente Java lee desde el objeto gnu.io.SerialPort solo a través de un SerialPortEventListener.

¿Por qué es esto? ¿Es una mala elección de implementación por parte de la gente de RXTX, una mala elección de API de Sun (ya que RXTX sigue la API de javax.comm), o una limitación de la ejecución de Java con código nativo?

Hyperterminal, por otro lado, no realiza encuestas (y funciona sin problemas). ¿Tiene acceso a algunas llamadas ocultas del sistema de Windows que le permiten hacer esto?