Enquanto tentava descobrireste problema (qualquer ajuda é apreciada), eu corri RXTX enquanto monitora sua atividade usandoPortMon e notou que o RXTX verifica constantemente se os dados estão disponíveis, mesmo quando o cliente Java lê o objeto gnu.io.SerialPort somente por meio de um SerialPortEventListener.

Por que é isso? É uma má escolha de implementação pelo pessoal do RXTX, uma má escolha da API pela Sun (já que o RXTX segue a API javax.comm) ou uma limitação da execução do Java suportado pelo código nativo?

O Hyperterminal, por outro lado, não faz polling (e funciona sem problemas). Ele tem acesso a algumas chamadas ocultas do sistema Windows que permitem isso?