Wie kopiere ich eine Hdf5-Datei mit Python teilweise in eine neue, wobei ich die gleiche Struktur behalte?

Ich habe eine große hdf5-Datei, die ungefähr so aussieht: A/B/dataset1, dataset2 A/C/dataset1, dataset2 A/D/dataset1, dataset2 A/E/dataset1, dataset2... Ich möchte eine neue Datei nur damit erstellen: A / B / dataset1, dataset2 A / C / ...

Mit h5py erstellte HDF5-Datei kann von h5py nicht geöffnet werden

Ich habe offenbar ohne Probleme eine HDF5-Datei unter Ubuntu 12.04 (32-Bit-Version) mit Anaconda als Python-Distribution erstellt und in ipython-Notebooks geschrieben. Die zugrunde liegenden Daten sind alle numpy Arrays. Beispielsweise import ...

Hdf5-Datei als binäres Blob / String an h5py übergeben?

Wie kann ich Cache-Einstellungen festlegen, während ich die h5py-Benutzeroberfläche verwende?

So überschreiben Sie ein Array in einer h5-Datei mit h5py

Ich versuche, ein numpy Array zu überschreiben, das ein kleiner Teil einer ziemlich komplizierten h5-Datei ist. Ich extrahiere ein Array, ändere einige Werte und möchte das Array erneut in die h5-Datei einfügen. Ich habe kein Problem, das Array ...

incremental schreibt mit h5py auf hdf5

Ich habe eine Frage, wie ich mit python / h5py am besten in hdf5-Dateien schreiben kann. Ich habe Daten wie: ----------------------------------------- | timepoint | voltage1 | voltage2 | ... ----------------------------------------- | 178 | 10 ...

Ist die Verwendung von HDF5 für die Speicherung großer Arrays (anstelle von flachen Binärdateien) von Vorteil für die Analysegeschwindigkeit oder die Speichernutzung?

Ich verarbeite große 3D-Arrays, die ich häufig auf verschiedene Arten schneiden muss, um eine Vielzahl von Datenanalysen durchzuführen. Ein typischer "Würfel" kann ~ 100 GB groß sein (und wird wahrscheinlich in Zukunft größer werden) Es ...

Lesen Sie ALLE Variablen in einer .mat-Datei mit python h5py

Ich versuche, alle Variablen aus einer '.mat' v7.3-Datei zu ziehen und in NumPy-Arrays umzuwandeln. Gibt es eine Möglichkeit, dies generisch zu tun, wobei vorzugsweise keine Variablennamen angegeben werden müssen? Wie können Sie alle vorhandenen ...

Schließen Sie eine geöffnete h5py-Datendatei

n unserem Labor speichern wir unsere Daten inhdf5 Dateien durch das Python-Paketh5py. u Beginn eines Experiments erstellen wir einhdf5 file und speichere Array nach Array von Daten in der Datei (unter anderem). Wenn ein Experiment ...

Was ist die empfohlene Komprimierung für HDF5 für eine schnelle Lese- / Schreibleistung (in Python / Pandas)?

Ich habe mehrmals gelesen, dass das Aktivieren der Komprimierung in HDF5 zu einer besseren Lese- / Schreibleistung führen kann. Ich frage mich, welche idealen Einstellungen für eine gute Lese- / Schreibleistung geeignet ...