Resultados de la búsqueda a petición "h5py"
¿Cómo copiar parcialmente usando Python un archivo Hdf5 en uno nuevo manteniendo la misma estructura?
Tengo un gran archivo hdf5 que se parece a esto: A/B/dataset1, dataset2 A/C/dataset1, dataset2 A/D/dataset1, dataset2 A/E/dataset1, dataset2... Quiero crear un nuevo archivo solo con eso: A / B / dataset1, dataset2 A / C / dataset1, ...
Lectura de TODAS las variables en un archivo .mat con python h5py
Estoy tratando de extraer todas las variables de un archivo '.mat' v7.3 y convertirlas en matrices NumPy. ¿Hay alguna manera de hacer esto genéricamente, preferiblemente sin necesidad de especificar nombres de variables? ¿Cómo puede obtener todos ...
Cerrar un archivo de datos h5py abierto
En nuestro laboratorio almacenamos nuestros datos enhdf5 archivos a través del paquete pythonh5py. Al comienzo de un experimento creamos unhdf5 archivar y almacenar matriz tras matriz de matriz de datos en el archivo (entre otras cosas). Cuando ...
¿Cuál es la compresión recomendada para HDF5 para un rendimiento de lectura / escritura rápido (en Python / pandas)?
He leído varias veces que activar la compresión en HDF5 puede conducir a un mejor rendimiento de lectura / escritura. Me pregunto qué configuración ideal puede ser para lograr un buen rendimiento de lectura / escritura en: data_df.to_hdf(..., ...
fuera del núcleo de almacenamiento de imágenes 4D tif como hdf5 python
Tengo 27 GB de archivos tiff 2D que representan segmentos de una película de imágenes 3D. Quiero poder dividir estos datos como si fuera una simple matriz numpy4d. Parece que dask.array es una buena herramienta para manipular limpiamente la ...
Escribir en un conjunto de datos compuesto con una cadena de longitud variable a través de h5py (HDF5)
He podido crear un conjunto de datos compuesto que consiste en un int sin signo y una cadena de longitud variable en mi archivo HDF5 usando h5py, pero no puedo escribir en él. dt = h5py.special_dtype(vlen=str) dset = fout.create_dataset(ver, ...
Escribir un gran conjunto de datos hdf5 usando h5py
Por el momento, estoy usando h5py para generar conjuntos de datos hdf5. Tengo algo como esto import h5py import numpy as np my_data=np.genfromtxt("/tmp/data.csv",delimiter=",",dtype=None,names=True) myFile="/tmp/f.hdf" with h5py.File(myFile,"a") ...
Conjuntos de datos en cadena de múltiples archivos / conjuntos de datos HDF5
Los beneficios y el mapeo simplista queh5py proporciona (a través de HDF5) para conjuntos de datos persistentes en el disco es excepcional. Ejecuto algunos análisis en un conjunto de archivos y almaceno el resultado en un conjunto de datos, uno ...
Almacenamiento de matriz de longitud variable multidimensional con h5py
Estoy tratando de almacenar una lista de matrices de longitud variable en un archivo HDF con el siguiente procedimiento: phn_mfccs = [] # Import wav files for waveform in files: phn_mfcc = mfcc(waveform) # produces a variable length multidim ...
¿h5py no cumple con las especificaciones de fragmentación?
Problema: Tengo archivos netCDF4 existentes (aproximadamente 5000 de ellos), (típicamente en forma 96x3712x3712) puntos de datos (float32). Estos son archivos con la primera dimensión siendo el tiempo (1 archivo por día), la segunda y la tercera ...