Ich bin neu in der Programmierung und kann hauptsächlich einige Skripte in R ausführen, aber für meine Arbeit muss ich ein externes Programm aufrufen. Damit dieses Programm auf dem Ubuntu-Terminal funktioniert, muss ich zuerst setenv verwenden und dann das Programm ausführen. Googeln Ich habe die Funktionen system () und Sys.setenv () gefunden, kann sie aber leider zum Laufen bringen.

Dies ist der Code, der im Ubuntu-Terminal funktioniert:

$ export PATH=/home/meme/bin:$PATH
$ mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp

Wenn die ersten beiden Argumente Eingabedateien sind, ist das Argument -o das Ausgabeverzeichnis und -comp ein weiterer Parameter für die Ausführung des Programms.

Der Grund, warum ich es in R tun muss, obwohl es im Terminal bereits funktioniert, ist, dass ich das Programm 1000-mal mit 1000 verschiedenen Dateien ausführen muss, also möchte ich eine for-Schleife erstellen, in der sich der Eingabename in jeder Schleife ändert und dann analysiert jede Ausgabe in R.

Ich habe bereits versucht zu verwenden:

Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin"); system(mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

und

system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

aber immer erhalten:

Error: unexpected constant string in "system(mast "/home/meme/meme.txt""

oder

Error: unexpected symbol in "system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt""

Zu diesem Zeitpunkt sind mir die Ideen ausgegangen, um diese Arbeit zu ermöglichen. Wenn dies bereits beantwortet wurde, war mein Googeln nur schlecht und ich würde mich über Links zu seiner Antwort freuen.

Vielen Dank für Ihre Zeit.

Carlos

Zusätzliche Details:

Ich benutze Ubuntu 12.04 64-Bit-Version, RStudio Version 0.97.551, R Version 3.0.2 (25.09.2013) - "Frisbee Sailing" -Plattform: x86_64-pc-linux-gnu (64-Bit). Das von mir verwendete Programm (MAST) findet ein Sequenzmuster in einer Buchstabenliste und ist Teil der MEME SUIT-Version 4.9.1 aushttp://meme.nbcr.net/meme/doc/meme-install.html und durch Kommandozeile laufen. Die Befehlszeilenverwendung für Mast ist:

mast    <motif file> <sequence file> [options]