Я новичок в программировании и, в основном, могу писать сценарии в R, но для своей работы мне нужно вызвать внешнюю программу. Чтобы эта программа работала на терминале Ubuntu, я должен сначала использовать setenv, а затем выполнить программу. Поиск в Google Я нашел функции system () и Sys.setenv (), но, к сожалению, я могу заставить их работать.

Это код, который работает в терминале Ubuntu:

$ export PATH=/home/meme/bin:$PATH
$ mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp

Если первые два аргумента являются входными файлами, аргумент -o - это выходной каталог, а -comp - еще один параметр для запуска программы.

Причина, по которой мне нужно сделать это в R, несмотря на то, что он уже работает в терминале, заключается в том, что мне нужно 1000 раз запустить программу с 1000 различными файлами, поэтому я хочу создать цикл for, в котором имя входа изменяется в каждом цикле, а затем анализировать каждый вывод в R.

Я уже пытался использовать:

Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin"); system(mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

а также

system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

но всегда получал:

Error: unexpected constant string in "system(mast "/home/meme/meme.txt""

или же

Error: unexpected symbol in "system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt""

На данный момент у меня закончились идеи сделать эту работу. Если на этот вопрос уже был дан ответ, то мой поиск в Google был плохим, и я был бы признателен за любые ссылки на его ответ.

Большое спасибо за уделенное время.

Carlos

Дополнительные детали:

Я использую Ubuntu 12.04 64-битная версия, RStudio версия 0.97.551, R версия 3.0.2 (2013-09-25) - Платформа "Frisbee Sailing": x86_64-pc-linux-gnu (64-битная). Используемая мною программа (MAST) находит шаблон последовательности в списке букв и является частью MEME SUIT версии 4.9.1, найденной вhttp://meme.nbcr.net/meme/doc/meme-install.html и запустить через командную строку. Использование командной строки для мачты:

mast    <motif file> <sequence file> [options]