Eu sou iniciante em programação e principalmente sou capaz de executar alguns scripts no R, mas, para o meu trabalho, preciso chamar um programa externo. Para que este programa funcione no terminal do ubuntu, primeiro preciso usar o setenv e depois executar o programa. Pesquisando no Google, encontrei as funções system () e Sys.setenv (), mas infelizmente posso fazê-lo funcionar.

Este é o código que funciona no terminal ubuntu:

$ export PATH=/home/meme/bin:$PATH
$ mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp

Onde os dois primeiros argumentos são arquivos de entrada, o argumento -o é o diretório de saída e -comp é outro parâmetro para a execução do programa.

A razão pela qual eu preciso fazê-lo em R, apesar de já funcionar no terminal, é porque eu preciso executar o programa 1000 vezes com 1000 arquivos diferentes, então eu quero criar um loop for onde o nome da entrada seja alterado em cada loop e depois analisar toda saída em R.

Eu já tentei usar:

Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin"); system(mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

e

system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

mas sempre recebeu:

Error: unexpected constant string in "system(mast "/home/meme/meme.txt""

ou

Error: unexpected symbol in "system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt""

Neste ponto, fiquei sem idéias para fazer isso funcionar. Se isso já tiver sido respondido, minha pesquisa no Google acabou de ser ruim e eu apreciaria quaisquer links para sua resposta.

Muito obrigado pelo seu tempo.

Carlos

Detalhes adicionais:

Uso o Ubuntu 12.04 versão 64 bits, RStudio versão 0.97.551, R versão 3.0.2 (2013-09-25) - Plataforma "Frisbee Sailing": x86_64-pc-linux-gnu (64 bits). O programa que eu uso (MAST) localiza um padrão de sequência em uma lista de letras e faz parte da versão 4.9.1 do MEME SUIT encontrada emhttp://meme.nbcr.net/meme/doc/meme-install.html e execute a linha de comando. O uso da linha de comando para o mast é:

mast    <motif file> <sequence file> [options]