Как правильно передать массив NumPy в функцию Cython?
Это описано во многих местах, но я просто не могу заставить его работать. Я вызываю функцию C ++ из Cython:
cimport numpy as np
cdef extern from "test.h" namespace "mytest":
void test(double *A, int m)
cdef int foo():
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.array([1,2,3,4,5],dtype=float)
# pass ptr to first element of 'a'
test(&a[0], len(a))
return 0
foo()
test.cpp это просто:
#include <stdio.h>
namespace mytest {
void test(double *A, int m)
{
for (int i = 0; i < m; i++)
{
printf("%d is %f\n", i, A[i]);
}
}
}
test.h просто имеет:
namespace mytest {
void test(double *A, int m);
}
Кажется, это работает, но когдаnp.ascontiguousarray
нужно? Достаточно ли сделать:
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.array([1,2,3,4,5],dtype=float)
или вам нужно:
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.ascontiguousarray(np.array([1,2,3,4,5],dtype=float))
во-вторых, и что более важно, как это можно обобщить для 2d массивов?
Обработка 2d массивов
Вот моя попытка передать 2d numpy массивы в C ++, который не работает:
cdef np.ndarray[double,mode="c",ndim=2] a = np.array([[1,2],[3,4]],dtype=float)
который называется как:
test(&a[0,0], a.shape[0], a.shape[1])
в коде cpp:
void test(double *A, int m, int n)
{
printf("reference 0,0 element\n");
printf("%f\n", A[0][0]);
}
ОБНОВЛЕНИЕ: правильный ответ
Правильный ответ - использовать линейное индексирование для массива, а не[][]
синтаксис. Правильный способ печати массива 2d:
for (int i = 0; i < m; i++)
{
for (int j = 0; j < n; j++)
{
printf("%d, %d is %f\n", i, j, A[i*m + j]);
}
}