como passar numpy array para a função Cython corretamente?
Isso é descrito em muitos lugares, mas eu simplesmente não consigo fazê-lo funcionar. Estou chamando uma função C ++ do Cython:
cimport numpy as np
cdef extern from "test.h" namespace "mytest":
void test(double *A, int m)
cdef int foo():
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.array([1,2,3,4,5],dtype=float)
# pass ptr to first element of 'a'
test(&a[0], len(a))
return 0
foo()
test.cpp é apenas:
#include <stdio.h>
namespace mytest {
void test(double *A, int m)
{
for (int i = 0; i < m; i++)
{
printf("%d is %f\n", i, A[i]);
}
}
}
test.h apenas possui:
namespace mytest {
void test(double *A, int m);
}
Isso parece funcionar, mas quando énp.ascontiguousarray
necessário? É suficiente fazer:
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.array([1,2,3,4,5],dtype=float)
ou você precisa de:
cdef np.ndarray[double,mode="c"] a = np.ascontiguousarray(np.array([1,2,3,4,5],dtype=float))
segundo e mais importante, como isso pode generalizar para matrizes 2D?
Manipulando matrizes 2d
Aqui está minha tentativa de passar matrizes numpy 2D para C ++, que não funciona:
cdef np.ndarray[double,mode="c",ndim=2] a = np.array([[1,2],[3,4]],dtype=float)
que é chamado como:
test(&a[0,0], a.shape[0], a.shape[1])
no código cpp:
void test(double *A, int m, int n)
{
printf("reference 0,0 element\n");
printf("%f\n", A[0][0]);
}
UPDATE: A resposta correta
A resposta correta é usar a indexação linear para a matriz e não o[][]
sintaxe. A maneira correta de imprimir a matriz 2D é:
for (int i = 0; i < m; i++)
{
for (int j = 0; j < n; j++)
{
printf("%d, %d is %f\n", i, j, A[i*m + j]);
}
}