Как получить исходный файл R Markdown, например, `source ('myfile.r')`?
У меня часто есть основной файл R Markdown или файл knitr LaTeX, где яsource
некоторый другой R-файл (например, для обработки данных). Однако я подумал, что в некоторых случаях было бы полезно, чтобы эти исходные файлы были их собственными воспроизводимыми документами (например, файл R Markdown, который не только включает команды для обработки данных, но также создает воспроизводимый документ, объясняющий обработку данных. решения).
Таким образом, я хотел бы иметь такую команду, какsource('myfile.rmd')
в моем основном файле R Markdown. что бы извлечь и получить весь код R внутри кусков кода Rmyfile.rmd
, Конечно, это приводит к ошибке.
Следующая команда работает:
```{r message=FALSE, results='hide'}
knit('myfile.rmd', tangle=TRUE)
source('myfile.R')
```
гдеresults='hide'
можно было бы опустить, если вывод был желателен. Т.е. knitr выводит код R изmyfile.rmd
вmyfile.R
.
Однако это не кажется идеальным:
it results in the creation of an extra file it needs to appear in it's own code chunk if control over display is required. It's not as elegant as simplesource(...)
.
Таким образом, мой вопрос: Is there a more elegant way of sourcing the R code of an R Markdown file?