var d = new Date(), e = new Date(d);
var msSinceMidnight = e - d.setHours(0,0,0,0);

Как функция:

function getMsSinceMidnight(d) {
  var e = new Date(d);
  return d - e.setHours(0,0,0,0);
}

alert(getMsSinceMidnight(new Date()));

но вместо использования часов: минут: секунд все преобразуется в секунды.

Я думаю, что это должно сделать это:

var now = new Date();    
var hours = now.getHours()*(60*60);
var minutes = now.getMinutes()*60;
var seconds = now.getSeconds();

var secSinceMidnight = hours+minutes+seconds;

Много ответов кромеRobG (рекомендуемый ответ), Kolink & APOS; s а такжеЛай & APOS; s здесь не так

Давайте посмотрим ближе друг к другу

First mistake

OptimusCrime а такжеАндрей Д. ответы:

Какскуловая кость sugested, если коррекция перехода на летнее время была применена в ближайшую полночь, мы получаем неверное значение. Давайте отладим:

Second mistake

kennebeck & APOS; s ответ:

КакRobG пишет, что часы могут тикать, если вы получаете системное время дважды. Мы можем даже появляться в разные даты иногда. Вы можете воспроизвести это в цикле:

for (var i = 0; true; i++) {
    if ((new Date()).getTime() - (new Date()).getTime()) {
        alert(i); // console.log(i);  // for me it's about a 1000
        break;
    }
}

Third моя личная ловушка, которую вы могли бы испытать

Рассмотрим следующий код:

var d = new Date(),
    msSinceMidnight = d - d.setHours(0,0,0,0);

msSinceMidnight всегда0 поскольку объект изменяется во время вычисления перед операцией вычитания

Наконец, этот код работает:

var d = new Date(),
    msSinceMidnight = d.getTime() - d.setHours(0,0,0,0);

var today = new Date();
var d = new Date(today.getFullYear(), today.getMonth(), today.getDate(), 0, 0, 0, 0); 

var difference = today.getTime() - d.getTime();

var d=new Date();
// offset from midnight in Greenwich timezone
var msFromMidnightInGMT=d%86400000;
// offset from midnight in locale timezone
var msFromMidnightLocale=(d.getTime()-d.getTimezoneOffset()*60000)%86400000;