Esta questão já tem uma resposta aqui:

Eu tenho um aplicativo java que se conecta a um banco de dados.
O nome de usuário e a senha do banco de dados são armazenados em um arquivo de propriedades.
Qual é a prática comum para evitar o armazenamento da senha em texto não criptografado no arquivo de propriedades, mantendo a opção de permitir que o usuário a altere?
A principal motivação aqui é evitar que alguém olhe por cima do ombro do administrador e veja a senha enquanto o administrador está editando o arquivo de propriedades.
Eu leioAqui que existe uma maneira integrada de fazer isso em C #.
Conhecendo o java, não espero encontrar uma solução integrada, mas gostaria de ouvir o que outras pessoas estão fazendo.
Se eu não encontrar uma boa escolha, provavelmente vou criptografá-la com uma senha constante que será mantida no código. Mas eu odiaria fazer isso dessa maneira porque parece errado.

Editar 12 de dezembro de 2012 Parece que não há mágica e devo armazenar a senha no código ou algo semelhante. No final, implementamos algo muito semelhante ao que o Jasypt mencionou em uma das respostas. Por isso estou aceitando a resposta do Jaspim porque é a coisa mais próxima de uma resposta definitiva.