Como excluo caracteres específicos de uma determinada String em Java?

Por exemplo, estou extraindo uma String de texto de um arquivo de texto e preciso dessas palavras para formar uma matriz. No entanto, quando faço tudo isso, algumas palavras terminam com vírgula (,) ou ponto final (.) Ou até têm colchetes (o que é perfeitamente normal).

O que eu quero fazer é me livrar desses personagens. Eu tenho tentado fazer isso usando os métodos String predefinidos em Java, mas simplesmente não consigo contornar isso.

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