Considerando o seguinte:

lalist = {{{{1, 1}, 1}, {{3, 3}, 1}, {{5, 5}, 1}},
          {{{1, 5}, 1}, {{3, 3}, 1}, {{5, 1}, 1}}}

Row[{
  Graphics[{
            Opacity[0.5],Red, 
            Disk @@@ lalist[[1]]}, 
            Frame -> True],
  Graphics[{
            Opacity[0.5],Blue, 
            Disk @@@ lalist[[2]]}, 
            Frame -> True]}
    ]

É possível que eu plote os Blues Disks "atrás" dos vermelhos em um gráfico em 3

Abaixo não é o que eu preciso: