Dada estas entradas:

my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp 
my $sub_rate = 0.003;
my $nof_tags = 1000;
my @dna = qw( A C G T );

Quero gerar:

Um mil tags de comprimento-10

A taxa de substituição para cada posição em uma tag é 0,003

Produzindo saída como:

AAAAAAAAAA
AATAACAAAA
.....
AAGGAAAAGA # 1000th tags

Existe uma maneira compacta de fazer isso no Per

Estou preso à lógica deste script como núcleo:

#!/usr/bin/perl

my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp 
my $sub_rate = 0.003;
my $nof_tags = 1000;
my @dna = qw( A C G T );

    $i = 0;
    while ($i < length($init_seq)) {
        $roll = int(rand 4) + 1;       # $roll is now an integer between 1 and 4

        if ($roll == 1) {$base = A;}
        elsif ($roll == 2) {$base = T;}
        elsif ($roll == 3) {$base = C;}
        elsif ($roll == 4) {$base = G;};

        print $base;
    }
    continue {
        $i++;
    }