Como posso parar o Filezilla de alterar minhas quebras de linha?

Estou baixando um arquivo CGI perl de um servidor Web Linux.

Possui quebra de linha Unix. Eu o edito em um PC com Windows com um editor de texto decente (Geany) que preserva essas quebras de linh

Depois carrego-o novamente com o Filezilla e ele possui quebras de linha do DOS, o que o impede de funciona

Eu sei que é o Filezilla, não o Geany, porque mesmo que eu apenas faça o download e o reenvie, o problema se repet

@Filezilla sempre pergunta se eu posso fazer o upload do arquivo local (3611) bytes e substituir o arquivo remoto (3753 bytes), e a diferença entre esses números é o número de linhas no meu arquivo. Mas quando faço isso, o do servidor tem 3753 bytes novamente e não funcion

Estou passando por um servidor proxy, isso pode ser um fator? O mais estranho é que fiz o mesmo em um PC com XP diferente outro dia e estava tudo bem. E o FTP da linha de comando também funciona be

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